Prapovijest predstavlja vremensko razdoblje od najstarijih registriranih materijalnih ostataka, odnosno kultura, do pojave prvih pisanih dokumenata. Vremensku podjelu prapovijesti arheolozi su izvršili temeljem proučavanja materijalne kulture (oružja, alata, stambenih objekata, keramike i nakit). Ona obuhvaća paleolitik, mezolitik, neolitik, eneolitik, brončano i željezno doba.
Naselja u vrijeme prapovijesti:
Neolitik – Ali Čair, Prilep; Anzabegovo, Barutnica, Štip; Velušina, Veluška Tumba, Bitola; Vraništa, Crkveni livadi, Struga; Vrbjani, Vrbjanska Čuka, Prilep; Govrlevo, Cerje, Skopje; Gorno Sredoreče, Zlastrana, Ohrid; Gorubinci, Rug Bair, Sveti Nikole; Damjan, Kanli Čair, Radoviš; Dobromiri, Golema Tumba, Bitola; Dolno Trnovo, Ohrid; Živojno, Vlaku i Gradište, Bitola; Zelenikovo, Slatina, Skopje; Karamani, Tumba, Bitola; Kostin dol, Delčevo; Kravari, Tumba, Bitola; Lopate, Amam, Kumanovo; Mlado Nagoričane, Na breg, Kumanovo; Madžari, Tumba, Skopje; Mogila, Tumba Sredselo, Bitola; Mrševci, Tumba Sredselo, Skopje; Nemanjici, Alin Dol, Sveti Nikole; Nikuštak, Čubuk Češma, Kumanovo; Optičari, Trn Tumba, Bitola; Dolno Palčište, Tumba, Tetovo; Pešterica, Prilep; Porodin, Tumba, Bitola; Resava, Čakovec, Kavadarci; Tarinci, Vršnik, Štip; Topolčani, Čuka, Prilep; Trn, Gorna Mala Tumba, Bitola; Ustie na Drim, Struga; Crničani, Atici, Gevgelija; Čaška, Mramor, Veles.
Eneolitik – Burilčevo, Pilavo, Kočani; Vraništa, Crkveni livadi, Struga; Dolno Oreovo, Šuplevec, Bitola; Karamani, Tumba, Bitola; Kostoperska Karpa, Kumanovo; Kravari, Tumba, Bitola; Palčište, Tumba, Tetovo; Skopsko Kale, Skopje; Crnobuki, Tumba, Bitola; Ustie na Drim, Struga; Čepigovo, Bakarno gumno, Prilep.
Brončano doba – Asamati, Sv. Nedela, Resen; Bukri, Visok rid, Bitola; Varoš, Prilep; Vraništa, Crkveni livadi, Struga; Gradina, Demir Kapija; Kanino, Tumba, Bitola; Karamani, Tumba, Bitola; Kravari, Tumba, Bitola; Lopate, Pribovce, Kumanovo; Palčište, Tumba, Tetovo; Pelince, Gradište, Kumanovo; Radobor, Tumba, Bitola; Crnobuki, Tumba, Bitola; Čepigovo, Bakarno gumno, Prilep.
Željezno doba – Beranci, Visoi, Bitola; Brazda, Skopje; Brod, Saraj, Bitola; Budur, Čiflik, Demir Kapija; Bukri, Progon, Bitola; Vojnik, Groblje, Kumanovo; Volkovo, Dubice, Skopje; Gorenci, Suva Češma, Ohrid; Grčište, Glos, Valandovo; Dabaci, Veles; Dedeli, Meležnik, Valandovo; Dolno Orizari, Svilara, Veles; Živjovo, Bel kamen, Bitola; Zović, Marta, Bitola; Karaorman, Orlova Čuka, Štip; Kaldrma i Kasarni, Prilep; Klučka-Hipodrom, Skopje; Kostoperska Karpa, Kumanovo; Milci, Gevgelija; Orizari, Kunovo Čuki, Kočani; Popadin dol, Prilep; Prisad, Sivec, Prilep; Radanje, Krivi dol, Štip; Rapeš, Slamite, Bitola; Rečica, Lozišta, Ohrid; Suva reka, Gevgelija; Tarinci, Krst, Štip.
Arheološki lokaliteti – Skupi, Skopje; Astibo, Štip; Bargala, s. Gorni Kozjak, Štip; Herakleja, Bitola; Vardarski rid, Gevgelija; Morobizdon, s. Morodvis, Kočani; Kostoperski rid, Mlado Nagoričane, Kumanovo; Antički teatar, Ohrid; Stibera, s. Čepigovo, Prilep; Cerje, s. Govrlevo, Skopje; Tumba, Madžari, Skopje; Isar, Marvinci, Valandovo; Stobi, Veles; Viničko Kale, Vinica.
Centralni Balkan ka 4. stoljeću p.n.e.
