Priroda je prema Makedoniji uistinu bila velikodušna i darovala ju je bogatim i raznolikim životinjskim svijetom. Životinje su zanimljive jer neke žive u dolinama i šumama, druge u jezerima i rijekama, a neke pak, u zemlji i pećinama. Oni su ovdje uglavnom predstavnici mediteranske i srednjoeuropske, a rijeđe i istočnoeuropske faune. Beskičmenjaka ima 9819 vrsta, od kojih su 635 endemske. U kralježnjake spadaju: 78 vrsta riba od kojih su 20 endemske, vodozemci, gmazovi, ptice i 82 vrste sisavaca od kojih su 3 endemske.
Bogatstvo životinjskog svijeta, osobito krupna i sitna divljač, pridonosi da Makedonija bude poželjno odredište za elitni lovni turizam. Ipak, više vrsta životinja koje su na rubu izumiranja strogo su zaštićene zakonom. Ugroženih i zaštićenih vrsta ima oko 113, od kojih je 30 riba, 1 gmaz, 66 ptica i 16 vrsta sisavaca. Od ptica to su: carski, zlatni i suri orao, bjeloglavi i egipatski sup, bjelorepi škanjac i sokolovi, a od sisavaca: ris, medvjed, divokoza, vuk, jelen, šišmiš i drugi.
Balkanski ris (Lynx lynx balcanicus) nastanjuje guste šume i teško dostupna područja u zapadnoj Makedoniji, u planinskom pojasu koji se proteže duž makedonsko-albanske granice (Bistra, Šar Planina, Korab, Dešat, Stogovo, Jakupica, Pelister i Galičica). Prema posljednjim podacima, pretpostavlja se da ima samo 35-40 jedinki. Većina od njih nalazi se u NP „Mavrovo“, a neke su primjećene u NP „Pelister“ i u prirodnom rezervatu „Jasen“. Balkanski ris je makedonski nacionalni simbol i ima ga na dresu makedonske Nogometne reprezentacije, na poštanskoj marci i na moneti od 5 denara.
I smeđi medvjed (Ursus arctos) je skoro na rubu izumiranja. Može se naći uglavnom u zapadnom dijelu (od Šar Planine do Jablanice, Galičice i Pelistera), a njegova ukupna populacija je oko 250. Vuk (Canis lupus) se najčešće nastanjuje u planinskim područjima, ali i u brdima i ravninama, i ima ih oko 700 jedinki. Srna (Capreolus capreolus) je trajno zaštićena, pri čemu je došlo do povećanja broja populacije. Od gmazova ugrožena je ljutica planinski žutokrug (Vipera ursinii), a od ptica labudovi, bjeloglavi sup (Gyps fulvus) i carski orao (Aquila heliaca), koji se može sresti samo u kanjonu rijeke Crna Reka, pokraj rijeke Babuna, oko Demir Kapije i Mariovskog.
Divlje životinje povećavaju atraktivnost turističkih destinacija i doprinose razvoju specifičnog lovnog turizma. Zbog opasnosti od njihovog izumiranja, u zadnje je vrijeme sve popularniji foto-safari turizam, kada glavni cilj nije ubijanje divljači, već njihovo fotografiranje. Zanimljiv je i ornitološki turizam, kada osim fotografiranja različitih ptica, snimaju se i njihovi zvukovi. Vodna flora također doprinosi nekim vrstama turizma i sportova na vodi: ronjenje, ribolov i podvodni ribolov.
